Pada hari ini saya akan posting tugas ujian akhir semesteran dengan tema “ aquaculture bioinformatic”.

Jurnal ini dalam bentuk bahasa inggris, sehingga harus ditranslatekan terlebih dahulu.

Untuk mengunduh jurnal tersebut, Anda dapat klik alamat di bawah ini :

http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/356

Resume jurnal tersebut saya buat dalam bahasa Indonesia agar mudah dipahami.

Di bawah ini merupakan resume jurnal tersebut:

Identification and analysis of immune-related transcriptome in Asian seabass Lates calcarifer.

Penyakit ikan  yang disebabkan oleh virus, bakteri dan parasit diakui sebagai hambatan yang signifikan terhadap produksi perikanan budidaya dan perdagangan sehingga mempengaruhi ekonomi serius. Perkiraan kerugian global penyakit pada budidaya melampaui US $ 9 miliar per tahun, yaitu sekitar 15% dari nilai ikan dunia ternak dan produksi kerang. Sistem kekebalan bawaan cukup penting dalam ikan dan diyakini menjadi baris pertama pertahanan tuan rumah dalam menentang organisme patogen atau bahan asing lainnya. Dalam akuakultur, dasar data yang pada ikan-patogen interaksi telah efektif diterapkan untuk vaksinasi skala besar untuk membantu generasi respon imun yang kuat dan tahan lama. Namun, pengembangan vaksin yang efektif adalah kompleks proses. Prasyarat untuk mengembangkan vaksin adalah pemahaman epidemiologi penyakit dan dasar sistem kekebalan tubuh spesies sasaran dan mengidentifikasi gen dan jalur yang terlibat dalam respon transkrip ikan terhadap infeksi. skrining untuk kekebalan terkait gen dalam database EST menggunakan alat bioinformatic memungkinkan identifikasi gen yang hanya urutan berbagi kesamaan dengan diketahui kekebalan terkait protein dari organisme lain, tapi rindu gen baru yang berhubungan dengan respon imun. Teknik supresi subtraktif hibridisasi (SSH) dapat diterapkan untuk mengidentifikasi diferensial gen diekspresikan pada jaringan yang berbeda atau kondisi dan dengan demikian juga merupakan metode sangat efektif untuk mengidentifikasi baru gen yang berhubungan dengan proses biologi penting. Teknik ini telah terbukti menjadi alat yang cocok untuk identifikasi dari novel kekebalan-gen terkait dalam berbagai teleost spesies ikan, termasuk ikan flounder dan salmon.

Para Seabass Asia Lates calcarifer didistribusikan di daerah tropis dan sub-tropis di Asia adalah penting foodfish laut spesies di Asia Tenggara dan Australia. Spesies ini telah dibudidayakan selama lebih dari 20 tahun di payau air kolam dan dalam beberapa tahun terakhir dalam mengambang kandang. Produksi tahunan global di Asia Seabass saat ini 400.000 metrik ton menurut FAO statistik. Dalam rangka untuk melindungi kerugian akuakultur oleh patogen penyakit, Seabass Asia akuakultur segera memerlukan strategi yang efektif pencegahan penyakit. Meskipun beberapa studi telah menunjukkan bahwa Seabass Asia dipamerkan respon kekebalan tubuh yang kuat terhadap bakteri berdasarkan kegiatan antibodi dalam serum informasi, sedikit pada host-Patogen interaksi selama infeksi dengan patogen mikroorganisme yang tersedia untuk spesies ini. Respon imun dapat dirangsang oleh eksperimen bakteri lipopolisakarida (LPS). perpustakaan cDNA hati, ginjal dan limpa telah terbukti menjadi sangat baik sumber informasi genetik tentang fungsi kekebalan pada ikan.

Sekian resume jurnal saya,,

Semoga dapat bermanfaat,,,

C U ….

Terima kasih

Guna melengkapi Tugas TI,
Pada kesempatan kali ini saya akan meresume jurnal dengan teme BIOINFORMATIKA DI BIDANG AKUAKULTUR.

Sebelumnya, saya akan menjelaskan terlebih dahulu apa yang dimaksud Bioinformatika....
 

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika di Indonesia

Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia. Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika" untuk program Sarjana dan mata kuliah "Bioinformatika" untuk program Pascasarjana. Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika". Mata kuliah "Bioinformatika" diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah "Proteomik dan Bioinformatika" termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB.
Riset bioinformatika protein dilaksanakan sebagai bagian dari aktivitas riset rekayasa protein pada Laboratorium Rekayasa Protein, Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Cibinong, Bogor. Lembaga Biologi Molekul Eijkman, Jakarta, secara khusus memiliki laboratorium bioinformatika sebagai fasilitas penunjang kegiatan risetnya. Selain itu, basis data sekuens DNA mikroorganisme asli Indonesia sedang dikembangkan di UI.

Nah,,, untuk jurnal nya,,, dapat di download pada alamat nie,,,

http://eprints.undip.ac.id/840/1/publikasiSPMIPA4.pdf

  Jurnal tsb dalam bahasa inggris, namun hasil resume dalam bahasa indonesia,,,

Nie dia hasil resume jurnal tsb,,,,,

Judul jurnalnya,,,,

 

 MOLECULAR CHARACTERIZATION

OF A GREEN ALGAE ISOLATE BY 16S rRNA

IN IMPROVEMENT OF CAROTENOID PRODUCTION

Hermin Pancasakti Kusumaningrum ^1,2 , Joedoro Soedarsono¹⁾,

Endang Kusdiyantini ²⁾

¹⁾ Microbiology Laboratory, Inter-University Center for Biotechnology, Gadjah Mada University,

Jalan Tehnika Utara, Barek, Jogjakarta.

²⁾ Microbiogenetics Laboratory, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Diponegoro University, Jl. Prof. Soedarto, UNDIP, Tembalang, Semarang. 50275

Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi spesies ganggang hijau mengisolasi dari perairan Jepara berdasarkan teknik molekuler menggunakan 16S rRNA pendekatan untuk mendeteksi jalur biosintesis karotenoid nya.
Persamaan analisis dan hubungan filogenetik dari urutan 16S rRNA adalah menganalisis dengan Analisis Alignment Beberapa oleh ClustalX, ClustalW, GeneDoc, Phylip dan Program NjPlot. Analisis molekuler menunjukkan hubungan erat antara isolat ganggang hijau dan Cyanobacteria dengan kesamaan 99% dengan cyanobacterium sp. MBIC 1021 dan 95% kesamaan dengan Synechocystis PCC6308. Hasil analisis ini menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi mengikuti jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid nya.

Analisis homologi dengan anggota Cyanobacteria diambil dari GeneBank dan Eropa menunjukkan kesamaan Bioinformatika dekat antara isolat ganggang hijau dengan orang-orang dari cyanobacterium sp. MBIC 120 dengan homologi 99% dan Synechocystis PCC6308 dengan homologi 95%. Delapan spesies urutan dengan homologi dekat sebagian besar digunakan untuk membangun pohon filogenetik oleh tetangga-bergabung metode menggunakan 16S rRNA dari kloroplas Dunaliella salina sebagai suatu outgroup. Namun, mengisolasi dapat segera ditugaskan ke salah satu spesies bila homologi dengan salah satu kelas lebih tinggi yang urutan 99,1% Kusumaningrum (1999) sebagai penelitian sebelumnya yang bekerja dengan 50 anggota spesies dari genus Bacillus.

Hasil dari semua analisis ini adalah parameter berharga bagi penafsiran pengamatan pada identiyng spesies dari ganggang hijau mengisolasi dari Waters Jepara. Dari analisis ini, dapat diasumsikan bahwa spesies ganggang hijau mengisolasi dekat dengan anggota Cyanobacteria. Ini berarti bahwa ganggang hijau isolat ganggang prokariotik, sedangkan Dunaliella merupakan ganggang hijau eucaryotic.
Hasil analisis ini juga menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi mengikuti jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid sebagai anggota beberapa Cyanobacteria lain terutama Synechocystis dan Synechococcus.

Kesimpulan dari penelitian ialah :

Hasil yang diperoleh melalui karakterisasi molekuler berbasis 16SrRNA menunjukkan bahwa ganggang hijau mengisolasi menunjukkan hubungan dekat dengan anggota sebagian besar Cyanobacteria dengan cyanobacterium sp. MBIC 1021 terutama dengan kesamaan 99% dan 95% kesamaan dengan Synechocystis PCC6308. Hasil analisis ini menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi mengikuti jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid nya.

Sekian penyelesaian tugas TI.

Semoga dapat bermanfaat.

See you next time,, n bye-bye,,,,

^_^

Tri Suci Ariyani