Guna melengkapi Tugas TI,
Pada kesempatan kali ini saya akan meresume jurnal dengan teme BIOINFORMATIKA DI BIDANG AKUAKULTUR.

Sebelumnya, saya akan menjelaskan terlebih dahulu apa yang dimaksud Bioinformatika....
 

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika di Indonesia

Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia. Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika" untuk program Sarjana dan mata kuliah "Bioinformatika" untuk program Pascasarjana. Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika". Mata kuliah "Bioinformatika" diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah "Proteomik dan Bioinformatika" termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB.
Riset bioinformatika protein dilaksanakan sebagai bagian dari aktivitas riset rekayasa protein pada Laboratorium Rekayasa Protein, Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Cibinong, Bogor. Lembaga Biologi Molekul Eijkman, Jakarta, secara khusus memiliki laboratorium bioinformatika sebagai fasilitas penunjang kegiatan risetnya. Selain itu, basis data sekuens DNA mikroorganisme asli Indonesia sedang dikembangkan di UI.

Nah,,, untuk jurnal nya,,, dapat di download pada alamat nie,,,

http://eprints.undip.ac.id/840/1/publikasiSPMIPA4.pdf

  Jurnal tsb dalam bahasa inggris, namun hasil resume dalam bahasa indonesia,,,

Nie dia hasil resume jurnal tsb,,,,,

Judul jurnalnya,,,,

 

 MOLECULAR CHARACTERIZATION

OF A GREEN ALGAE ISOLATE BY 16S rRNA

IN IMPROVEMENT OF CAROTENOID PRODUCTION

Hermin Pancasakti Kusumaningrum ^1,2 , Joedoro Soedarsono¹⁾,

Endang Kusdiyantini ²⁾

¹⁾ Microbiology Laboratory, Inter-University Center for Biotechnology, Gadjah Mada University,

Jalan Tehnika Utara, Barek, Jogjakarta.

²⁾ Microbiogenetics Laboratory, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Diponegoro University, Jl. Prof. Soedarto, UNDIP, Tembalang, Semarang. 50275

Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi spesies ganggang hijau mengisolasi dari perairan Jepara berdasarkan teknik molekuler menggunakan 16S rRNA pendekatan untuk mendeteksi jalur biosintesis karotenoid nya.
Persamaan analisis dan hubungan filogenetik dari urutan 16S rRNA adalah menganalisis dengan Analisis Alignment Beberapa oleh ClustalX, ClustalW, GeneDoc, Phylip dan Program NjPlot. Analisis molekuler menunjukkan hubungan erat antara isolat ganggang hijau dan Cyanobacteria dengan kesamaan 99% dengan cyanobacterium sp. MBIC 1021 dan 95% kesamaan dengan Synechocystis PCC6308. Hasil analisis ini menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi mengikuti jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid nya.

Analisis homologi dengan anggota Cyanobacteria diambil dari GeneBank dan Eropa menunjukkan kesamaan Bioinformatika dekat antara isolat ganggang hijau dengan orang-orang dari cyanobacterium sp. MBIC 120 dengan homologi 99% dan Synechocystis PCC6308 dengan homologi 95%. Delapan spesies urutan dengan homologi dekat sebagian besar digunakan untuk membangun pohon filogenetik oleh tetangga-bergabung metode menggunakan 16S rRNA dari kloroplas Dunaliella salina sebagai suatu outgroup. Namun, mengisolasi dapat segera ditugaskan ke salah satu spesies bila homologi dengan salah satu kelas lebih tinggi yang urutan 99,1% Kusumaningrum (1999) sebagai penelitian sebelumnya yang bekerja dengan 50 anggota spesies dari genus Bacillus.

Hasil dari semua analisis ini adalah parameter berharga bagi penafsiran pengamatan pada identiyng spesies dari ganggang hijau mengisolasi dari Waters Jepara. Dari analisis ini, dapat diasumsikan bahwa spesies ganggang hijau mengisolasi dekat dengan anggota Cyanobacteria. Ini berarti bahwa ganggang hijau isolat ganggang prokariotik, sedangkan Dunaliella merupakan ganggang hijau eucaryotic.
Hasil analisis ini juga menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi mengikuti jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid sebagai anggota beberapa Cyanobacteria lain terutama Synechocystis dan Synechococcus.

Kesimpulan dari penelitian ialah :

Hasil yang diperoleh melalui karakterisasi molekuler berbasis 16SrRNA menunjukkan bahwa ganggang hijau mengisolasi menunjukkan hubungan dekat dengan anggota sebagian besar Cyanobacteria dengan cyanobacterium sp. MBIC 1021 terutama dengan kesamaan 99% dan 95% kesamaan dengan Synechocystis PCC6308. Hasil analisis ini menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi mengikuti jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid nya.

Sekian penyelesaian tugas TI.

Semoga dapat bermanfaat.

See you next time,, n bye-bye,,,,

^_^

Tri Suci Ariyani